原因主要是这样的：
企业缴纳的社保是基本养老、基本医疗、工伤、生育、失业等5项保险。而自己交纳社保，一般可以缴纳基本养老和基本医疗保险，一些地区也可以只缴基本养老保险。这样多缴几种保险，缴费钱数上就会有很大的差距。灵活就业人员在缴费基数上也有非常大的灵活选择性。
在社保部门和政府部门眼中，企业始终是实力非常强的部门，缴费比例会按照国家的规定进行缴费，一般是养老20%，医疗各地是6~10%。另外职工本人还要额外承担养老8%，医疗2%。
但是灵活就业人员，自己承担企业和个人部分，应该给予照顾。绝大多数养老缴费比例是20%。一些地方的医疗保险，还专门建立了没有医保个人账户部分的灵活就业人员医保，比如烟台下降了3.5%。
一些促进就业部门会对就业困难人员自己社保缴费，给予一定的社保补贴，全国一般是补贴三年，首次申请距离退休不足5年的话，可以申请到退休为止。补贴比例一般能够达到个人消费程度的50%甚至66%。当然各地政策不同，青岛市市定额补贴500元，不得超过个人负担的2/3。
由此看来，明显是缴纳灵活就业人员经济上更合算。
第一，个别地区女性退休年龄企业缴费可以50岁退休，而灵活就业人员缴费是55岁退休，这就差距大了。因此，很多人愿意找企业代缴。
第二，一些地区自己缴社保是没有生育保险的，只有在企业缴费才能够享受生育保险待遇。主要原因是，社会保险法规定生育保险是由企业全额承担。不过这一规定，未来随着生育保险和医疗保险的合并将不会出现了。
第三，企业缴社保有失业保险可以享受。缴费一年可以领取三个月的失业金，国家还会给代缴医疗保险。
所以，各自有其优点，根据自己的需求选择吧。对于只求养老收入的人，建议参加灵活就业人员保险更合算。
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