事业单位改革中，劳务派遣工的经济补偿由劳务派遣公司承担，与用人单位无关。

事业单位改革中，除了单位的正式职工会妥善安置，整合分流，或者按要求提前退休。事业单位使用的合同工、临时工、劳务派遣工，其前途则会根据单位实际使用需要情况来决定。机构改革要求精简机构，这个任务主要由事业单位承担；精简编制，方法就是撤销自收自支、自定自筹类编制；精简人员，主要是从机关事业单位中超过1000万的编外临时人员入手，这其中就包括劳务派遣工。

事业单位的编外临时人员，实行的是合同制管理，依照的是《劳动合同法》，不管是财政统一供养的，还是单位自主招聘的，其结果都是一样的。按照《劳动合同法》规定，事业单位改革，机构撤销、整合等，都是合同主体发生变化，符合《劳动合同法》规定的解除劳动合同的要素和变更事项。事业单位改革后，对于编外人员安置，是按以下顺序进行的：

1、优先保证事业单位编外人员就业：事业单位可根据需要，优先采取保证原合同人员就业的方式，调整岗位、变更劳动合同等。机关事业单位改革中，对于编外人员安置，会根据实际需要，由人事部门统一签订劳动合同，分配各机关单位使用；或者由人事部门指定劳务派遣，派遣单位服务，这两类用工方式，一般都由当地财政统一供养。部分有收入的单位，主要是指医院，可以由人事、卫生主管部门同意后，由用人单位自行招聘，自行供养。

2、对自主择业人员进行补偿：对于愿意自主择业、创业的人员，或者因机构改革，无法继续履行劳动合同，需要解除劳动关系的编外人员，根据《劳动合同法》规定，按工作年限进行经济补偿。每工作一年，补偿一个月工资，包括使用十年以上的无固定期限劳动合同工，都是如此补偿。对于部分生活困难、就业困难的人员，可考虑安排公益岗位就业。失业人员也可以按规定领取失业补助，在政府的引导下，重新就业。就业部门要加强失业人员技能培训，帮助其尽快寻找新的工作岗位。

3、劳务派遣工由劳务派遣公司安置：劳务派遣工不直接与机关事业单位发生关系，其劳动关系在劳务派遣公司。因此，这部分人员的安置，是由劳务派遣公司负责的。劳务派遣公司可以另行派遣新的岗位，也可以按规定解除劳动合同关系。对于已经注销或者破产的劳务派遣公司，则要由用人单位承担连带责任，进行补偿。

机关事业单位改革中，按要求必须妥善安置涉改人员，尤其是编外临时人员。要积极协调、帮助其自主择业、创业，符合条件的可以提前将由社保部门保障，确保改革顺利开展，同时也要保证社会稳定团结，人民生活不受影响。