企业因发生费用当年未取得扣除凭证而多缴纳了税款，几年后取得扣除凭证追补扣除，多缴纳的税款几年内能申请退还？一个案例有三种观点，该如何处理？
国家税务总局发布的《企业所得税税前扣除凭证管理办法》（国家税务总局公告2018年第28号），自2018年7月1日起施行。该办法第十七条明确规定：除发生特殊情形外，企业以前年度应当取得而未取得发票、其他外部凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票、其他外部凭证等支出，可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过5年。而《税收征收管理法》第五十一条又规定：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。那么，在实际工作中，税务机关是按3年还是5年退还纳税人多缴税款呢？下面请看具体案例。
【典型案例】
A公司是一家生产销售汽车配件的工业企业，2014年10月，购入材料价款262万元，税额44.54万元，由于种种原因未能取得相应发票，一直没有在所得税前扣除；销售方由于没有按规定开具发票，也没有按规定期限申报纳税。2018年7月，在企业所得税汇算清缴过后，这张不含税价款262万元的增值税发票才按规定取得。为此，A公司做出专项申报及说明后，追补至2014年度予以扣除，并向主管税务机关申请退还企业所得税65.5万元（262×25%）。针对这笔退税，在税务机关内部产生了争议，并形成了三种不同的处理意见。
第一种意见，应按规定退税65.5万元
其理由是，根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》(国家税务总局公告2018年第28号)第十七条规定：企业以前年度应当取得而未取得发票、其他外部凭证，且相应支出在该年度没有税前扣除的，在以后年度取得符合规定的发票、其他外部凭证或者按照规定提供可以证实其支出真实性的相关资料，相应支出可以追补至该支出发生年度税前扣除，但追补年限不得超过5年。与此同时，《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）也明确指出：对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。
由此看来，A公司申请退税是有依据，税务机关应按规定办理退税。
第二种意见，65.5万元企业所得税不能办理退税
其理由是，根据《税收征收管理法》第五十一条规定：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。而A公司多缴税款，时间已经过去4年有余，超过了税法规定的3年期限，按规定不能再办理退税。同时，《立法法》第八十八条规定：法律的效力高于行政法规、地方性法规、规章。而国家税务总局公告2012年第15号和国家税务总局公告2018年第28号，只是规范性文件，连规章都算不上，其效力远低于税收法律——《税收征收管理法》。
因此，A公司这笔退税，应按《税收征收管理法》相关规定执行，超过3年不予办理。
第三种意见，应规定办理退税65.5万元，
并按规定退还银行同期存款利息
其理由是，根据国家税务总局公告2012年第15号和国家税务总局公告2018年第28号文件规定：A公司这笔业务按规定办理退税，有理有据，无可争议。同时，根据《税收征收管理法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。很显然，对于A公司这笔业务来说，销售方未按规定开具发票、滞后申报纳税的行为，应按规定加收滞纳金。既然销售方未按规定开具发票需要给国家缴纳滞纳金，那么，对于购货方A公司来说，多缴的税款理应按规定加算利息，并予以退还。因此，应参照《税收征收管理法》第五十一条多缴税款的处理规定，退还银行同期存款利息。
本案例是一起因纳税人申请退税引发的争议，各地税务机关认识存在差异，实际执行也有所不同。对此，笔者建议上级有关部门进一步完善退税政策，对于退税期限、退不退利息等有关内容进一步明确，确保基层税务部门有法可依，以减少税务机关执法风险。
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